Résumé Ère Cosmique 70... L'incident de la "Bloody Valentine"... Les Coordinators (êtres humains dont l'ADN a été modifié génétiquement pour les rendre "meilleur") proclamérent leur indépendances par rapport à l'Alliance Terrestre et créérent leur propre gouvernement: ZAFT. Les Naturals (êtres humains n'ayant subit aucunes modifications de leurs génes), ne pouvant accepter cela, lancérent une arme thermo-nucléaire sur une des colonies. Plusieurs dizaines de millions de morts; ce qui mit les engrenages de la guerre en route. 11 mois plus tard, sur la colonie spatiale neutre d'Héliopolis, un jeune homme regarde à la télé les derniers informations sur la guerre; ce jeune homme n'est autre que Kira Yamato, un coordinator qui a cherché la paix sur cette colonie et qui trouvera bien plus...
